Wkrótce został administratorem dwóch eparchii: budimljańskiej oraz raszko-prizreńskiej.
Po śmierci patriarchy Wincentego II w 1958, hierarchia była podzielona co do kandydata na jego następcę. 14 września 1958 został wybrany German jako kandydat kompromisowy. Jego przeciwnicy głosili, że został wybrany w wyniku nacisków Aleksandra Rankovicia i nazywali go „czerwonym patriarchą”. Na okres jego rządów przypadła schizma eparchii serbskiej Nova Gračanica w USA, a także odłączenie się w 1967 Macedońskiego Kościoła Prawosławnego. Działania na rzecz odbudowy Kościoła, podjęte przez Germana doprowadziły do utworzenia nowych eparchii, podległych serbskiemu patriarsze w Australii, Kanadzie, a także we Vranje. W 1958 uruchomiono nowy budynek seminarium w Belgradzie, a wkrótce potem powstało nowe seminarium Trzech Świętych Hierarchów w chorwackim klasztorze Krka.
W 1984 odwiedził teren dawnego obozu koncentracyjnego w Jasenovacu, wypowiadając słowa Oprostiti moramo, zaboraviti ne smemo (Musimy wybaczyć, nie powinniśmy zapomnieć).