15 sierpnia 1989 został ponownie zatrzymany, oskarżono go m.in. o wzywanie do uczczenia ofiar inwazji na Czechosłowację i wydawanie nielegalnego pisma. Został tymczasowo aresztowany i sądzony w procesie tzw. bratysławskiej piątki. Apele o uwolnienie tej grupy podpisali m.in. Ján Chryzostom Korec i Alexander Dubček. Proces ten wywołał też reakcję państw zachodnich. We wrześniu tego samego roku na Zgromadzeniu Ogólnym ONZ sprawę tę zgłaszał sekretarz stanu USA James Baker. W jednej z kilku demonstracji domagających się zwolnienia represjonowanych wzięło udział około pięciu tysięcy osób.
Działalność po aksamitnej rewolucji Tymczasowe aresztowanie uchylono mu w listopadzie 1989. W grudniu tego samego roku, po wydarzeniach aksamitnej rewolucji, wszedł w skład czechosłowackiego rządu pod przywództwem Mariána Čalfy jako pierwszy wicepremier.
W 1990 założył i stanął na czele Ruchu Chrześcijańsko-Demokratycznego. W czerwcu tego samego roku został wicepremierem rządu słowackiego. Od kwietnia 1991 do lipca 1992 sprawował urząd premiera Słowacji. W latach 1992–1998 wykonywał mandat posła do słowackiego parlamentu.