Dwa lata później, po rozwiązaniu się She pojawił się na scenie ze swoim najbardziej znanym projektem, zespołem Illusion, założonym wraz z gitarzystą Jerzym Rutkowskim oraz perkusistą Pawłem Herbaschem. Kilka miesięcy później do grupy dołączył basista Jarek Śmigiel. W 1995 i 1996 Lipnicki był nominowany do nagrody „Fryderyk” '95, '96 w kategorii „wokalista roku”. Nagrał z Illusion siedem płyt, w tym jedną płytę koncertową i jedną kompilację The Best of Illusion. W 2017 zespół obchodził 25-lecie istnienia.
W 2000 zaprezentował swój kolejny projekt pod nazwą Lipali, który przekształcił się w zespół w stałym składzie: Tomasz Lipnicki, Adrian Kulik, Łukasz Jeleniewski pod koniec 2003. Od marca 2003 do maja 2004 występował w Acid Drinkers i nagrał z tym zespołem nagrodzoną „Fryderykiem” płytę Rock Is Not Enough. Uczestniczył ponadto w nagraniach zespołów Flapjack, Karmacoma oraz Ametria.
W 2008 został uhonorowany „Fryderykiem” w kategorii „wokalista roku”. W 2008 nagrał piosenkę Każda chwila promująca ogólnopolską kampanię społeczno-edukacyjną pt. „Hospicjum to też życie”. Pomysłodawcą kampanii był Fundacja Hospicyjna. W utworze Każda chwila wraz z Tomaszem Lipnickim śpiewa również Krystyna Prońko.