Kiedy w roku 1987 w Olecku utworzono nową parafię p.w. NMP Królowej Polski, parafia p.w. Krzyża Św. stała się rektoratem. Ponownie podniesiona do funkcji parafii 3 lipca 1989 przez ks. bpa Edmunda Piszcza – Biskupa Warmińskiego. Wraz z reorganizacją struktur kościelnych w Polsce w 1992 roku parafia Podwyższenia Krzyża Św. weszła w skład nowo utworzonej diecezji ełckiej i dekanatu Olecko. 13 maja 1994 Biskup Ełcki Wojciech Ziemba ustanowił kościół parafialny Diecezjalnym Sanktuarium Krzyża Świętego. W 1998 r. z parafii Podwyższenia Krzyża Św. wydzielono jeszcze jedną parafię – Wniebowzięcia NMP. W 2002 r. Biskup Ełcki Edward Samsel dokonał reorganizacji dekanatu Oleckiego. W jej wyniku parafia Podwyższenia Krzyża Św. znalazła się w nowo powołanym dekanacie – Olecko, św. Jana Apostoła, wraz z parafiami: Olecko-Lesk, Cimochy, Gąski, Szczecinki, Wieliczki.