Pomimo publicznych zapewnień prezydenta, że prawa niemuzułmanów będą respektowane, mieszkańcy południa oraz dysydenci pozostali niechętni władzy w Chartumie.
Dostawy broni Sudan pozyskiwał broń dla swoich wojsk z różnych krajów. Po uzyskaniu niepodległości, głównym dostawcą broni wraz ze szkoleniami była Wielka Brytania. Jednak w wyniku wojny sześciodniowej w 1967, stosunki między oboma krajami uległy ochłodzeniu, podobnie jak i ze Stanami Zjednoczonymi oraz Republiką Federalną Niemiec.
Od 1968 do 1972, ze Związku Radzieckiego, jak i z państw bloku wschodniego płynęła duża pomoc militarna, wraz z pomocą techniczną i szkoleniami dla wojsk Sudanu. W tym czasie liczebność wojska wzrosła z około 18 000 do 50 000 ludzi. Duża liczba czołgów, samolotów oraz artylerii została nabyta i wprowadzona do użycia do końca 1980.
Do ochłodzenia stosunków między obiema stronami doszło po zamachu stanu w 1972, wtedy też rząd w Chartumie rozpoczął dążenie do dywersyfikacji swoich dostawców. Związek Radziecki pozostał głównym dostawcą broni do 1977, kiedy to jawne poparcie marksizującej Etiopii względem południowosudańskich rebeliantów doprowadziło do zerwania współpracy z sudańskim rządem.