W latach 1919–1925 był dyrektorem Szkoły Sztuk Zdobniczych w Poznaniu. Był współzałożycielem i pierwszym prezesem (od 1921) grupy artystów wielkopolskich „Świt”.
W 1925 roku przeniósł się do Krakowa, gdzie od 1927 roku zamieszkał we własnej wilii z ogrodem na ulicy Kazimierza Wielkiego 105. Został profesorem Akademii Sztuk Pięknych, a także dwukrotnie w latach 1931 i 1936 również jej rektorem. W czasie okupacji wykładał w Państwowej Szkole Rzemiosła Artystycznego w Krakowie. W 1945 powrócił do pracy w Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie.
Pod koniec życia dotknął go paraliż prawej ręki, który uniemożliwił mu malowanie. Zmarł 5 lipca 1950 w Krakowie. Został pochowany 7 lipca 1950 na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera XXXVIII-4-23).
Twórczość We wczesnym okresie malował barwne sceny z życia Hucułów. W swoich obrazach odtwarzał wiejskie obyczaje np. Wesele huculskie (1913), rytuały religijne np. Pogrzeb huculski (1907), Dziady na odpuście (1907), utrwalał epizody z życia codziennego np. Targ huculski (1913). W latach 1908–1910 Pautsch malował głównie wizerunki przedstawicieli intelektualno-artystycznej elity Lwowa. Powstały wtedy portrety Leopolda Staffa, Jana Kasprowicza.