Reszta rannych powstańców, w liczbie około tysiąca, ukryła się pomiędzy ludnością cywilną lub straciła życie w trakcie porannych nalotów Luftwaffe (zginęło wówczas m.in. ok. 300 rannych ze szpitala przy ulicy Świętojerskiej i 50 rannych ze szpitala przy Miodowej 23). Ponadto w ruinach Starego Miasta wciąż znajdowało się blisko 35 tys. cywilów, z czego około 5 tys. rannych.
Wymordowanie rannych powstańców thumb|Wanna z prochami odnaleziona na ul. Wąski Dunaj thumb|Szczątki powstańców zamordowanych w podziemiach Pałacu Raczyńskich (Długa 7) thumb|Podwórze szpitala przy ul. Długiej 9 thumb|Szczątki powstańców zamordowanych w szpitalu przy ul. Długiej 15 (róg Miodowej)
Pominąwszy kilka sporadycznych wypadków zabijania rannych można uznać, iż pierwsi Niemcy, którzy weszli na teren powstańczych szpitali zachowywali się z początku dość poprawnie. Niektórzy niemieccy oficerowie obiecywali nawet dostarczenie rannym żywności i środków opatrunkowych. Sytuacja uległa jednak radykalnej zmianie około godziny 11:00. Antoni Przygoński podejrzewał, iż w międzyczasie musiała zapaść w dowództwie niemieckim decyzja o wymordowaniu rannych. Prawdopodobnie została ona podjęta przez SS-Gruppenführera Reinefartha – być może nawet w porozumieniu z głównodowodzącym sił niemieckich w Warszawie, SS-Obergruppenführerem Erichem von dem Bach-Zelewskim.