Tymczasem Władimir Makarow, jeden z byłych współpracowników Zachajewa, prowadził kampanię przeciw Zachodowi poprzez wspieranie zamachów terrorystycznych przez około pięć lat.
W Afganistanie ranger US Army, starszy szeregowy Joseph Allen, uczestniczy w akcji odbicia miasta uprzednio opanowanego przez talibów. Będąc pod wrażeniem zdolności bojowych Allena, generał broni Shepherd werbuje go do Task Force 141, elitarnej międzynarodowej jednostki antyterrorystycznej pod jego komendą. Tymczasem dwaj inni członkowie Task Force 141, kapitan John „Soap” MacTavish i sierżant Gary „Roach” Sanderson, infiltrują rosyjską bazę lotniczą w górach Tienszan, by odzyskać moduł Attack Characterization System (ACS) z uziemionego satelity.
Allen zostaje później wysłany na tajną misję w Rosji dla CIA pod tajnym nazwiskiem Aleksiej Borodin, dołączając do Makarowa w masakrze cywili na Międzynarodowym Lotnisku im. Imrana Zachajewa w Moskwie. Makarow uświadamia sobie tożsamość Allena i zabija go podczas ekstrakcji, zostawiając za sobą jego ciało, by znaleźć pretekst do wywołania wojny między Rosją a Stanami Zjednoczonymi.