Pierwsza świątynia drewniana spełniała swoją funkcję do końca XVI wieku. W 1598 sufragan włocławski, a równocześnie proboszcz fordońskiej parafii Baltazar Miaskowski, rozpoczął budowę murowanego kościoła pw. św. Mikołaja, którą zakończono w I połowie XVII wieku. Wzniesiono wówczas jednonawowy, orientowany i bezwieżowy późnogotycki kościół, który w swojej formie z niewielkimi zmianami, przetrwał do początku 1927 roku. Kościół został postawiony poza zwartą zabudową miasta, przy placu, na którym w tamtych czasach oczekiwano na przeprawę przez Wisłę. W 1632 r. w krypcie pod prezbiterium pochowano rodzinę szlachcica Łukasza Wybranowskiego herbu Poraj.
W 1691 w miejscu spalonego kościoła został postawiony nowy budynek, różniący się od poprzedniego dobudowaną od północy kaplicą pw. św. Anny. W I połowie XVIII wieku świątynia została gruntownie odnowiona. Dobudowano m.in. murowaną kruchtę oraz wieżyczkę - sygnaturkę.
W połowie XVIII wieku w kościele znajdowało się pięć ołtarzy: główny przedstawiający Zmartwychwstanie Pańskie oraz boczne: św. Anny (w kaplicy), Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny, św. Barbary i św. Józefa. Przed kościołem, na terenie cmentarza, postawiono kolumnę z postacią św. Jana Nepomucena.