Zbór przy ul. Gajowej istniał do grudnia 2002 roku i do końca funkcję pastora pełnił tam Jacek Brzechczyn. Bydgoska placówka zboru w Toruniu działała nadal, a spotkania odbywały się w wynajmowanej salce w Pałacu Młodzieży, później w kamienicy przy ul. Chwytowo. W 2004 roku wspólnota uzyskała niezależność i odtąd działała jako zbór, a nie placówka. W 2004 roku kamienica na ul. Chwytowo spłonęła, a wspólnota przeniosła się na ul. Czartoryskiego 12. W tym samym roku nastąpił podział wspólnoty na misję charytatywną "Betezda", która zajęła się pomocą ubogim i bezdomnym (Betezda zaczęła działalność poza ramami Kościoła Baptystów), natomiast Baptyści przenieśli się na ul. Sienkiewicza 8 - na parter kamienicy, który został zaadaptowany na kaplicę. Od listopada 2010 roku spotykają się w sali przy kinie Adria (ul. Toruńska).
Zobacz też Obiekty sakralne w Bydgoszczy Struktury wyznaniowe w Bydgoszczy
Bibliografia Szach Jerzy, Vogel Tadeusz. Bydgoskie świątynie. [w.] Kalendarz Bydgoski 1983
Chrześcijan Baptystów Bydgoszcz