Dowództwo Operacji Połączonych Keyes thumb|150px|Roger Keyes 17 lipca 1940 roku Bourne’a zastąpił admirał floty lord Roger Keyes. Ten bohater I wojny światowej i zaufany przyjaciel Churchilla został mianowany „Dyrektorem Operacji Połączonych”. Choć za zmianą nazwy stanowiska nie kryły się formalnie poszerzone kompetencje, Keyes wykorzystał swą pozycję i wpływy, uniezależniając się od Admiralicji. Podlegał Komitetowi Szefów Sztabu (Chiefs of Staff Committee, CoSC) i miał bezpośredni dostęp do ministra obrony (Churchilla). Powołał Dowództwo Operacji Połączonych z własnym sztabem w Londynie, gdzie skupił pod swoją komendą specjalistów z Royal Navy, armii i Royal Air Force. Założył również w szkockim Inveraray Combined Training Centre – główny ośrodek szkolenia technik desantowych (podobne powstały potem w Egipcie i Indiach). Pod jego kierownictwem komandosi osiągnęli pierwszy głośny sukces, kiedy w marcu 1941 roku przeprowadzili rajd na Lofoty.
Keyes konsekwentnie dążył do osiągnięcia coraz większej autonomii i uniezależnienia się od niechętnych mu zwierzchników poszczególnych rodzajów sił zbrojnych. Doprowadziło to do konfliktu z Komitetem Szefów Sztabu, który dyrektywą z października 1941 roku zmienił jego tytuł z Dyrektora na „Doradcę Szefów Sztabu ds. Operacji Połączonych”.