od 1886 r. współpracownik (od 1900 członek) – Komisji Fizjograficznej AU, a w latach 1915–1917 – jej przewodniczący. W 1912 został dyrektorem Ogrodu Botanicznego w Krakowie, szybko podnosząc tę instytucję z upadku. W 1913 utworzył Instytut Botaniczny. W 1914 zaangażował się w działalność polityczną, popierając czyn zbrojny Józefa Piłsudskiego.
Przekazał bogate zbiory muzealne zgromadzone na Jawie krakowskiemu Muzeum Etnograficznemu. Część jego krajowych zbiorów zakupił dla Muzeum Przyrodniczego im. Dzieduszyckich we Lwowie Włodzimierz Dzieduszycki.
Pochowany na zakopiańskim Cmentarzu Zasłużonych na Pęksowym Brzyzku (kw. P-III-30) śp. Marian Raciborski Po jego śmierci rodzina przekazała bibliotekę i materiały naukowe Instytutowi Botaniki UJ. thumb|240px|Grób prof. Mariana Raciborskiego na Cmentarzu Zasłużonych na Pęksowym Brzyzku Autor prac naukowych, m.in.: Flora retycka w Tatrach (1891) Roślinność kuli ziemskiej w wiekach minionych (1903)
Prace popularnonaukowe i podręczniki: Bursztyn i roślinność lasu bursztynowego, Wszechświat, 10 (1891) Paleobotanika. Poradnik dla samouków, t.