W sierpniu 2006 został powołany na dyrektora Centrum Badań Historycznych PAN w Berlinie, sprawował tę funkcję do września 2018. W 2007 objął funkcję współprzewodniczącego Polsko-Niemieckiej Komisji Podręcznikowej (pełnił ją do 2020). W ramach komisji był przewodniczącym rady ekspertów i członkiem rady zarządzającej polsko-niemieckiego projektu – drugiego na świecie bilateralnego podręcznika do nauczania historii. Został założycielem olsztyńskiego stowarzyszenia Wspólnota Kulturowa Borussia (1990) i współzałożycielem Fundacji „Borussia” (2006). W latach 1997–2017 był redaktorem naczelnym kwartalnika „Borussia”. Objął też funkcję wiceprzewodniczącego fundacji Societas Jablonoviana.
Był członkiem zarządu Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej, a także wiceprzewodniczącym międzynarodowej rady Fundacji Topografia Terroru w Berlinie. Został członkiem zarządu Warmińskiego Towarzystwa Historycznego oraz członkiem rady programowej Międzynarodowego Centrum Kultury w Krakowie. W 2024 wszedł w skład rady Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej (jako jej współprzewodniczący).