W czasie likwidacji kościoła w 1938 jego sarkofag został przekazany Polsce i pochowany w miejscu urodzenia króla – w Wołczynie.
Początkowo w kościele posługiwali franciszkanie. W roku 1800 Paweł I przekazał świątynię jezuitom a po ich kasacie parafią zaopiekowali się dominikanie. W roku 1892 przeszedł pod bezpośrednią jurysdykcję diecezji. Z kościołem związane były takie osoby jak św. Zygmunt Szczęsny Feliński, św. Urszula Ledóchowska, bł. Antoni Leszczewicz. W tej chwili prowadzone są procesy beatyfikacyjne proboszcza Konstantego Budkiewicza, bp. Antoniego Maleckiego, bp. Bolesława Sloskansa, bp. Teofila Matulionisa.
Od roku 1901 do 1905 proboszczem był Jan Ścisławski, pod którego wpływem na katolicyzm nawrócił się Leonid Fiodorow. W okresie rewolucji październikowej 1917 parafia liczyła ponad 30 tys. wiernych. W czerwcu 1918 odbyła się na Newskim Prospekcie pierwsza i jedyna w historii miasta do momentu upadku ZSRR procesja Bożego Ciała. Wkrótce na duchowieństwo i parafian spadły jednak represje. W 1923 rozstrzelano na Łubiance proboszcza parafii księdza Konstantego Budkiewicza. W 1938 kościół zamknięto, a jego majątek zniszczono i rozgrabiono. Zamieniony na magazyn spłonął w 1947. Około 1977 podjęto decyzję o rekonstrukcji budynku i urządzeniu w nim sali koncertowej (muzyki organowej).