W 1988 roku Intrepid Museum Foundation przejęło również prezentowany w Intrepid Sea-Air-Space Museum okręt podwodny USS "Growler", na jego pokładzie można oglądać pierwszy wprowadzony do czynnej służby amerykański samolot-pocisk SSM-N-8 Regulus I. Do 2004 roku częścią muzeum był niszczyciel typu Forrest Sherman USS "Edson". Od 2004 można również oglądać samolot pasażerski Concorde. We wrześniu 2001 roku na pokładzie USS "Intrepid" swoją kwaterę główną urządziło FBI, którego funkcjonariusze brali udział w śledztwie prowadzonym po zamachach na World Trade Center i Pentagon.
Od 2012 roku na pokładzie lotniskowca zwiedzający mogą oglądać pierwszy amerykański prom kosmiczny, Enterprise. Aby zrobić miejsce na nowy eksponat, samoloty Douglas F3D Skyknight, Supermarine Scimitar i MiG-15 przeniesiono do Empire State Aerosciences Museum. Wahadłowiec prezentowany jest w specjalnie do tego celu przeznaczonym Space Shuttle Pavilion, zamkniętym pomieszczeniu ustawionym na pokładzie lotniskowca.