Choć duża część historyków jest zdania, że Indonezja pozostawała do czasu puczu w Brunei neutralna w kwestii powstania Malezji, spotkać się można z opinią, że to właśnie Indonezja sprowokowała przewrót. Są też tacy, którzy uważają, że przewrót był brytyjską intrygą. Wydarzenia w Brunei stały się punktem zwrotnym w stosunkach Indonezji z jednoczącą się Malezją i pretekstem do zaangażowania się Indonezji po stronie przeciwników Federacji. Ostatnie grupy bojowników na terenie Brunei zostały zniszczone przez Brytyjczyków w maju 1963 roku.
W styczniu 1963 roku Subandrio, minister spraw zagranicznych Indonezji oficjalnie ogłosił, że kraj ten sprzeciwia się powstaniu Malezji i zapowiedział politykę konfrontacji (Konfrontasi). Wcześniej, w czerwcu 1960 roku prezydent Sukarno użył tego terminu w kontekście roszczeń wobec zachodniej części wyspy Nowa Gwinea, która była wówczas kolonią holenderską. Dzięki mediacji Stanów Zjednoczonych, w sierpniu 1962 roku w Nowym Jorku udało się doprowadzić do porozumienia, na mocy którego Indonezja przejęła w maju 1963 roku kontrolę nad spornym obszarem. Ocenia się, że sukces ten mógł rozzuchwalić władze Indonezji.