13 września 1939 r. żołnierze hitlerowscy wkroczyli do klasztoru, gdzie dokonali rewizji, aresztowali kapelana oraz zamknęli kaplicę. 7 lipca 1941 r. siostry zostały zmuszone do opuszczenia klasztorustarsze siostry udały się do klasztoru wiedeńskiego, młodsze wróciły do swoich rodzin, zaś w kamienicy Niemcy urządzili biuro powiernicze. Jedna z sióstr Maria Kaleta Kamińska została w 1944 r. zamordowana.
Po wyzwoleniu Bydgoszczy, od stycznia do czerwca 1945 r. w budynku kwaterowali żołnierze radzieccy. Następnie budynek przeznaczono na biuro Pomorskiej Izby Skarbowej. Jednak dzięki wytrwałym staraniom sióstr, odzyskały one budynek i ponownie zamieszkały w klasztorze od 22 lipca 1945 r. Proces reorganizacji klasztoru po II wojnie światowej zakończył się 16 lutego 1946 r., kiedy została zamknięta klauzura i wznowiona wieczysta adoracja Najświętszego Sakramentu.
W 1986 r. ks. kard. Józef Glemp poświęcił w kaplicy nowy Ołtarz Adoracji Jezusa Eucharystycznego. Obecnie odbywają się w kaplicy - przy współudziale wiernych – msze św., nabożeństwa oraz adoracje dzienne i nocne.