Najbliższymi krewnymi Uintatherium są inni członkowie Uintatheriinae – Bathyopsis, Eobasileus i Tetheopsis.

Do rodzaju Uintatherium włączano ponad dwadzieścia gatunków dinoceratów, jednak wszystkie są obecnie uznawane za synonimy U. anceps, który został początkowo opisany przez Othniela Charlesa Marsha pod nazwą Titanotherium anceps i dopiero Joseph Leidy w 1872 zaklasyfikował go do rodzaju Uintatherium. Szczątki Uintatherium „robustum” odkryto w 1872 roku w pobliżu Fort Bridger w stanie Wyoming. James Carter i Joseph Corson, którzy je odnaleźli, przekazali je Leidy'emu, a ten opisał je jako U. robustum, zaś jeden z kłów uznał za należący do innego zwierzęcia, któremu nadał nazwę Uintamastix atrox. W tym czasie również Marsh i Edward Drinker Cope, rywalizujący ze sobą, przybyli do Fort Bridger w poszukiwaniu skamieniałości. Marsh opisał z Fort Bridger cztery gatunki dinoceratów (Dinoceras mirabilis, D. lacustris, Tinoceras anceps i T. grandis), zaś Cope – Loxopholodon cornutus (później przemianowany na Eobasileus cornutus). W 1873 Leidy przebadał skamieniałości odkryte przez Marsha i Cope'a i zdał sobie sprawę, że kieł opisany przez niego jako Uintamastix należy w rzeczywistości do Uintatherium.