W czasie kampanii wrześniowej był szefem Oddziału III Sztabu Grupy Operacyjnej „Śląsk”. Po klęsce wrześniowej uczestniczył w tworzeniu pierwszych organizacji konspiracyjnych na terenie Lublina. W okresie od października 1939 do maja 1940 był szefem sztabu Komendy Okręgu Lublin SZP-ZWZ. Na przełomie 1941–1942 zastępca Wacława Berki – szefa Oddziału II (wywiad i kontrwywiad) KG ZWZ. Na wiosnę 1942, przejął funkcję szefa Oddziału II i pełnił ją do początku grudnia 1943. W tym okresie uczestniczył między innymi w zdobyciu dokumentacji rakiet V-2 oraz opracował system informacyjny umożliwiający przekazywanie aliantom zachodnim informacji o zdarzeniach na froncie wschodnim. Był autorem tzw. „Testamentu Dzięcioła” czy też „Testamentu-Memoriału Drobika”, w którym zawarł swoje obawy co do niebezpieczeństwa, iż po wojnie może dojść do okupacji sowieckiej na terenie Polski i aktualna polityka Polskiego Państwa Podziemnego w stosunku do ZSRR powinna opierać się na szeregu daleko idących ustępstw w stosunku do Sowietów, a nawet ewentualnego oddania im Kresów w zamian za niepodległość. W czasie spotkania ze sztabem KG AK, gdzie płk Drobik miał wygłosić swój memoriał, doszło do dziwnego incydentu – pułkownik Drobik otruł się ampułką z cyjankiem potasu, jednak jego towarzyszom udało się wyratować niedoszłego samobójcę.