Do 1946 świątynia była kościołem filialnym fary. Nabożeństwa odbywały się tu nieregularnie, zawsze jednak w niedziele i święta z udziałem księży z fary bydgoskiej lub misjonarzy z kościoła na Bielawkach. Od 1932 prowadzono księgę chrztów, oraz przyjęto pierwsze dzieci do I komunii św.
Od 1937 pierwszym i ostatnim substytutemSprawującym powinności proboszcza w zastępstwie. był ks. Antoni Świadek. W latach 1937–1939 doprowadził on do budowy plebanii przy kościele. Za spowiadanie wiernych w języku polskim został on w 1942 aresztowany, wywieziony do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie został zamordowany16 stycznia 1945.. W 1999 r. ks. A. Świadek został beatyfikowany przez papieża Jana Pawła II. W 1948 Rada Parafialna przedłożyła władzom miejskim prośbę przemianowania nazwy ulicy Kaplicznej na ul. ks. Antoniego Świadka. Prośba została jednak negatywnie zaopiniowana przez władzeJarkiewicz Zenon. Parę uzupełnień do historii budowy kościółka na Siernieczku. [w.] Kronika Bydgoska XVIII. Bydgoszcz 1996..