W granicach diecezji włocławskiej Bydgoszcz pozostała do roku 1765, kiedy to na mocy porozumienia biskupów: włocławskiego Antoniego Kazimierza Ostrowskiego i gnieźnieńskiego Władysława Łubieńskiego, dokonano zmiany, według której diecezja włocławska przekazując arcybiskupstwu gnieźnieńskiemu Bydgoszcz i kilka innych parafii z nią graniczących, otrzymała pod swoją administrację Wolbórz i okoliczne parafieŁbik Lech: Narodziny bydgoskiej parafii, średniowieczne świątynie, parafialny laikat, dekanat. [w.] Kronika Bydgoska – tom specjalny wydany z okazji wizyty papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy. Bydgoszcz 1999.
25 marca 2004 r. papież Jan Paweł II wydał dekret o ustanowieniu diecezji bydgoskiej. Kościołem katedralnym diecezji ustanowiono kościół farny, który był pierwszym bydgoskim kościołem parafialnym.