Konieczność usytuowania przy grodzie bydgoskim kościoła pomocniczego uzasadniała stała obecność (od początku XIII w.) urzędników książęcych, kasztelana oraz załogi wojskowej. Służbę Bożą sprawował w kościele duchowny dojeżdżający z Wyszogrodu lub stały kapelan-rezydent, utrzymywany przez bydgoskiego kasztelana. Po budowie zamku bydgoskiego w połowie XIV wieku, funkcję świątyni zastąpiła urządzona w nim kaplica z przebywającym tu stale kapelanem zamkowym.
Z kolei w nowo założonym mieście zbudowano od podstaw pierwszy i aż do 1924 roku jedyny kościół parafialny. Pleban farny ustanowiony w następstwie formalnych aktów fundacji i erekcji bydgoskiej parafii, rezydował przy starej kaplicy grodowej do chwili ukończenia budowy kościoła farnego, usytuowanego w obrębie murów miejskich. Epizod ten utrwaliła późniejsza tradycja, przypisując kościołowi św. Idziego godność najstarszej bydgoskiej świątyni parafialnej.