Ligę powiększono w 2006 roku do 14 drużyn poprzez przyznanie prawa do wystawienia dodatkowego zespołu Australii i Południowej Afryce.
Od sezonu 2011 liga Super Rugby powiększyła się do 15 drużyn po tym jak dopuszczono do rozgrywek australijski zespół Melbourne Rebels.
Od sezonu 2016 dołączyły Sunwolves z Japonii oraz Jaguares z Argentyny jako element rozwoju światowego rugby, drużyny dołączyły do konfederacji południowoafrykańskiej która została podzielona na dwie grupy. Oprócz formatu rozgrywek w Super Rugby zmieniła się nazwa organizacji zarządzającej na SANZAAR (South African, New Zealand Australian and Argentinian Rugby) po włączeniu Argentyny do rozgrywek The Rugby Championship (dawniej Puchar Trzech Narodów)
Decyzją zarządu w roku 2018 liga powróci do formatu z piętnastoma drużynami podzielonymi na trzy konferencje, głównym powodem był zły odbiór zmian przez kibiców i stacje telewizyjne, a także zbyt skomplikowana formuła, znaczyło to iż trzy zespoły będą musiały się pożegnać z ligą.