Drugi rząd tego ostatniego tracił poparcie (m.in. na jego pozycję i notowania partii koalicyjnych negatywnie wpłynęły sprawa Marca Dutroux i skandal dotyczący skażonej żywności). W 1999, po wygranych przez flamandzkich liberałów wyborach, nowy gabinet (pierwszy od 1958 bez udziału ugrupowań chadeckich) sformował Guy Verhofstadt. W 2001 dokonano reorganizacji partii, zmieniono też nazwę na Chrześcijańscy Demokraci i Flamandowie. Po wyborach z 2003 CD&V pozostała w opozycji.
W wyborach w 2007 chadecy (startujący w kartelu wyborczym z Nowym Sojuszem Flamandzkim) uzyskali 30 mandatów w Izbie Reprezentantów. Chadecy weszli do rządu przejściowego, a w 2008 przejęli funkcję premiera. Obejmowali ją kolejno Yves Leterme, Herman Van Rompuy i ponownie pierwszy z nich. Yves Leterme podał się do dymisji wiosną 2010 w związku z rozpadem wielopartyjnej koalicji rządzącej. W przedterminowych wyborach parlamentarnych w 2010 chadecy uzyskali najsłabszy wynik w dotychczasowej historii (17 mandatów w Izbie Reprezentantów i 7 w Senacie). W 2011 partia weszła do koalicji rządowej popierającej rząd, na czele którego stanął waloński socjalista Elio Di Rupo.