Przez dwa lata rozegrał w MetroStars 54 ligowe mecze, zdobył 4 gole i zaliczył 2 asysty.
W 2005 roku Clark przeszedł do drużyny San Jose Earthquakes i 3 kwietnia 2005 rozegrał dla tego klubu swoje pierwsze spotkanie, zremisowane 2:2 z New England Revolution. W San Jose spędził rok. Rozegrał 30 spotkań, strzelił 3 bramki i dwukrotnie asystował przy golach partnerów klubowych.
W 2006 roku Clark przeniósł się wraz z całą drużyną do Houston, gdy utworzono tam nową drużynę Houston Dynamo. 3 kwietnia 2006 zadebiutował w Houston w wygranym 5:2 meczu z Colorado Rapids. Od początku pobytu w Dynamo był podstawowym zawodnikiem tego klubu. 4 października 2007 został ukarany 9-meczową dyskwalifikacją i grzywną w wysokości 10 tysięcy dolarów za brutalny faul na Carlosie Ruízie z FC Dallas. W 2012 roku wrócił do Houston Dynamo.