Historia Ślady ludzkiej bytności na Iriomote pochodzą z połowy pierwszego tysiąclecia. Znaleziono je w pobliżu wioski Funaura. Stałe osadnictwo rozpoczęło się około XII wieku. Wtedy to powstały osady Sonai i Komi. Jeszcze w XIV wieku cały archipelag podporządkowany był Chinom, lecz oficjalnie do nich nie należał. Sytuacja zmieniła się sto lat później, kiedy jeden z riukiuańskich królów Shō Hashi zjednoczył królestwo. Mieszkańcy musieli płacić Chinom coraz większe kontrybucje. Na początku XVII wieku o bezbronnym królestwie przypomniała sobie Japonia. Po inwazji na Riukiu zażądała haraczu i podporządkowania władzy cesarza. To podwójne łupienie trwało aż do 1879. Wtedy to cesarz Japonii, widząc, że król Riukiu nie radzi sobie z podwójną kontrybucją, zdetronizował go, a królestwo włączył do swojego cesarstwa. Po II wojnie światowej archipelag był okupowany przez Amerykanów. Dopiero w latach siedemdziesiątych XX wieku Japonia przejęła władzę nad Riukiu a sytuacja zaczęła się powoli zmieniać.