Operował w tym okresie z głównymi siłami floty z atolu Addu.
Od 5 maja 1942 wraz z lotniskowcem HMS „Illustrious” wspierał inwazję na francuski Madagaskar. 8 maja był atakowany nieskutecznie przez francuski okręt podwodny „Monge” (zatopiony następnie przez niszczyciele i ). Po krótkim remoncie w czerwcu, został następnie w lipcu skierowany do zespołu H w Gibraltarze.
1942 – Morze Śródziemne W sierpniu 1942 „Indomitable” został skierowany na Morze Śródziemne, w celu osłony dużej operacji dowozu zaopatrzenia dla Malty Pedestal. Przed operacją, 8 sierpnia brał udział w dużych wspólnych manewrach na Atlantyku 5 brytyjskich lotniskowców (ćwiczenia Berserk). Następnie wraz z lotniskowcami „Victorious” i „Eagle” oraz innymi okrętami brał udział w intensywnych walkach z lotnictwem niemieckim i włoskim na Morzu Śródziemnym 11 i 12 sierpnia, w składzie zespołu Z. 12 sierpnia około 19 został trafiony przez niemieckie bombowce nurkujące Junkers Ju 87 z I./StG.3 dwoma bombami, które poważnie uszkodziły mu i wyłączyły z użycia pokład lotniczy – pierwsza przed podnośnikiem dziobowym, druga koło podnośnika rufowego. Ponadto trzy bliskie trafienia uszkodziły kadłubZvonimir Freivogel, Operacja "Pedestal", seria Bitwy Morskie 2, wyd.