homoerotyzm i akty BDSM (łącznie z koprofagią) oraz akty klasyczne.
W latach 80. udoskonalił estetykę swoich prac, fotografując posągi nagich kobiet i mężczyzn, delikatność kwiatowej martwej natury, oraz wykonując wielkoskalowe portrety artystów i sław. Pierwsze studio Mapplethorpe’a mieściło się przy 24 Bond Street na Manhattanie. Następnie Sam Wagstaff udzielił mu wsparcia w wysokości 500 tys. dolarów, za które artysta wykupił poddasze budynku przy West 23rd Street, gdzie mieszkał i pracował. Na Bond Street urządził wówczas swoją ciemnię.
Publiczną uwagę skupiła na sobie na początku lat 90. seria Portfolio X, kiedy została zawarta w The Perfect Moment, objazdowej wystawie ufundowanej przez National Endowment for the Arts. Portfolio zawiera kilka z najbardziej znanych zdjęć autora wraz z autoportretem ukazującym umieszczony w odbycie batog.
Mimo tego że jego prace były regularnie wystawiane na sponsorowanych publicznie ekspozycjach, organizacje konserwatywne i religijne, jak American Family Association wykorzystały tę wystawę, aby przeciwstawić się wsparciu rządowemu dla tego, co nazywali „niczym więcej niż sensacyjną prezentacją obscenicznych materiałów”.