W 1989 w wypadku motocyklowym zginął Pete de Freitas. Zespół wznowił działalność w nowym składzie. Do Willa Sergeanta i Les Pattinsona dołączył wokalista Noel Burke, perkusista Damon Reece i keyboardzista Jake Brockman. W 1990 grupa w nowej konfiguracji wydała album Reverberation, jednak względnie mały sukces albumu i negatywne oceny krytyków doprowadziły do całkowitego rozwiązania zespołu w 1992.
Po zakończeniu współpracy w ramach Electrafixion, McCulloch i Sergeant wznowili działalność Echo & the Bunnymen pod koniec 1996 wraz z Pattinsonem. Formacja powróciła wydając w czerwcu 1997 singel „Nothing Lasts Forever”, a 14 lipca pierwszy po powrocie album Evergreen, który został przyjęty entuzjastycznie przez krytykę i uznany za udany powrót zespołu na scenę. Pomimo tego, że Pattinson opuścił zespół po raz drugi, McCulloch i Sergeant kontynuowali twórczość jako Echo & the Bunnymen, wracając do korzystania z automatu perkusyjnego i wydając kolejne albumy: What Are You Going to Do with Your Life? (1999), Flowers (2001) i Siberia (2005).