W odróżnieniu od licznych innych miast Rosji, w Królewcu tramwaj przeżył ekonomiczny kryzys lat dziewięćdziesiątych XX wieku praktycznie bez zmian. Nie zlikwidowano żadnej trasy, tabor pozostawał bez zmian, ale stare tramwaje przechodziły znaczący remont. Jednakże na początku pierwszego dziesięciolecia XXI wieku rozpoczęto likwidację królewieckich tramwajów. Jednocześnie przeprowadzano remonty niektórych torowisk. Plan władz miasta Królewca przewiduje rozwój transportu tramwajowego w przyszłości.
W 2001 roku rozpoczął się proces likwidacji tramwajowej sieci. W tym roku została zamknięta linia tramwajowa w ciągu ulicy Suworowa między ulicami Kamskiej i Transportową. 24 lutego 2004 roku zlikwidowano ruch tramwajowy na prospekcie Zwycięstwa od ulicy Radiszczewa do Mendelejewa (trasa nr 1). W 2005 roku zlikwidowano linię na ulicy Aleksandra Newskiego (trasa nr 8), w 2006 – na Radzieckim prospekcie od ulic Janałowa i ulicy Marszałka Borzowa. W 2008 roku zdemontowano torowiska tramwajowe na ulicach Frunzje i Gagarina (część trasy linii nr 4 i 9). Prace przy demontażu linii na ul. Gagarina zaczęły się 19 sierpnia.