W 1861 r. imperator Aleksander II na fali odwilży posewastopolskiej przeprowadził w Imperium reformę znoszącą poddaństwo. Wywołało to kryzys w zakładach jekaterynburskich, które zostały pozbawione taniej siły roboczej. Kolejnym uderzeniem w rozwój Jekaterynburga było zniesienie jego specjalnej autonomii w ramach guberni, od tej pory władze w mieście stały się zależne od władz w Permie. Miasto liczyło wówczas około 25 000 mieszkańców. Znaczenie przemysłu wydobywczego i metalurgicznego zaczęło maleć. Na znaczeniu zaczęły natomiast zyskiwać inne branże: spożywcza czy transportowa. Zaczęło się natomiast rozwijać jako finansowe centrum Syberii. W 1848 r. otwarto pierwszy bank w mieście. W 1871 r. oddział Banku Wołżańskiego, a w 1872 r. Syberyjski Bank Handlowy, który miał się później stać jednym z największych w Rosji. Powstawały nowe instytucje, takie jak Towarzystwo Rolnicze, Towarzystwo Techniczne czy Uralskie Towarzystwo MedyczneBazylow L., Historia Nowożytnej Kultury Rosyjskiej, Warszawa 1986, s. 478.. Na ten okres przypada także rozwój kolei żelaznej w Rosji. W 1876 r. pierwsza linia kolejowa połączyła Jekaterynburg ze stolicą guberni, Permem. W 1886 r. otwarto linię Jekaterynburg-Tiumeń, w 1897 r. Jekaterynburg-Czelabińsk, a miasto z uwagi na swoje położenie znalazło się na szlaku Kolei Transsyberyjskiej.