wydanie książkowe pt. Rymowane zamki. Tematy architektoniczne w literaturze starofrancuskiej drugiej połowy XII wieku, Warszawa 2001). Odtąd zatrudniony jako adiunkt. W 2011 uzyskał stopień doktora habilitowanego na podstawie rozprawy Gotyk Wielkopolski. Architektura sakralna XIII–XVI w.
Jest autorem kilkudziesięciu książek naukowych i popularnonaukowych oraz nagrań (kasety i CD). Początkowo, od roku 1987, jego głównym wydawcą był Janusz Kotarba (+2003) z Krakowa, redaktor publikacji drugiego obiegu i działacz społeczny, który w wolnej Polsce założył firmę „Paganini”. W ostatnich dwóch dekadach większość książek i płyt Jacka Kowalskiego publikowały Wydawnictwo Fundacji Świętego Benedykta i Wydawnictwo Dębogóra z Poznania. Ponadto współpracował z Wydawnictwem DiG, Wydawnictwem Volumen, Państwowym Wydawnictwem Naukowym oraz wydawnictwem Zona Zero. Swoje teksty i przekłady publikował m.in. w „Czasie Kultury”, „Artium Quaestiones”, „Kronice Miasta Poznania”Zob. np. Jacek Kowalski, „Veste kemmenâde” Przemysła i Ludgardy, „Kronika Miasta Poznania” 4 (2004), s. 45–64., „Pamiętniku Biblioteki Kórnickiej”, „Christanitas”Zob. np. Jacek Kowalski, Dwie Sarmacje. Na kanwie wystawy w Muzeum Narodowym w Poznaniu, „Christianitas”, 2005, 23/24, s. 23–94., „Naszym Dzienniku”Zob. np. https://naszdziennik.pl/mysl/160949,nasz-czerwiec-56.html.