Wyłączono również przypadki pochwycenia nieprzyjacielskich żołnierzy w wyniku akcji zbrojnych na morzu oraz tych, którzy wyskoczyli z samolotu na spadochronie w celu ratowania własnego życia.
Za niewykonanie rozkazu, działanie wbrew jego literze lub zaniechanie poinformowania o nim swoich podwładnych każdy oficer ponosił odpowiedzialność karną.
Tego samego dnia Hitler wydał specjalny aneks, w którym tłumaczył powody swojego postępowania. Był to jedyny taki przypadek w historii, kiedy Führer wyjaśniał na piśmie, dlaczego wydał taki, a nie inny rozkaz.
Realizacja rozkazu Na podstawie Kommandobefehl, w latach 1942–1945 likwidowano komandosów oraz członków podobnych alianckich formacji na terenie Francji, Norwegii, Czechosłowacji, Włoch i Bałkanów.
Pierwszymi jego ofiarami było siedmiu brytyjskich oficerów z 2 Commando, pojmanych 21 września 1942 roku podczas rajdu na elektrownię wodną w norweskim Glomfjord (Operacja Musketoon). W chwili jego wydania przebywali w oflagu w Colditz. Wkrótce potem zostali przetransportowani do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen i tam rozstrzelani 23 października.