Wykonywaniu zbrodniczego rozkazu sprzeciwiała się część niemieckiego wysokiego dowództwa. Nie stosował go m.in. Erwin Rommel wobec brytyjskich komandosów schwytanych podczas walk w Afryce Północnej. Niechęć do Kommandobefehl deklarował po zakończeniu wojny również Albert Kesselring, głównodowodzący sił niemieckich na froncie włoskim. Jednak co najmniej raz podległe mu oddziały dokonały egzekucji pojmanych członków alianckich sił specjalnych: 26 marca 1944 roku zostało rozstrzelanych 15 amerykańskich żołnierzy OSS, którzy dwa dni wcześniej próbowali wysadzić tunele kolejowe na liguryjskim wybrzeżu, którymi Niemcy dostarczali posiłki na Linię Gustawa (Operacja Ginny).

Powojenne rozliczenie Rozkaz był wydany ze świadomym i rażącym pogwałceniem międzynarodowego prawa konfliktów zbrojnych. W szczególności łamał art. 23 załącznika do IV konwencji haskiej, który zabrania zabijać lub zadawać rany nieprzyjacielowi, który złożył broń oraz oświadczać, że nikomu nie będzie darowane życie. Stał również w sprzeczności z III konwencją genewską z 1929 roku, która definiowała pojęcie jeńca wojennego i określała sposób jego traktowania.