Najpowszechniej występują bakterie z rodzajów Acetobacter oraz Gluconobacter. Podstawowym szczepem obecnym w kombuczy jest Gluconacetobacter xylinus (wcześniejsza nazwa: Acetobacter xylinum), który syntezuje celulozę. Dominującymi szczepami bakterii kwasu octowego są A. xylium, A.pasteurianus, A. aceti oraz Gluconobacter oxydans.
Najczęściej występującymi rodzajami drożdży są Saccharomyces, Saccharomycodes, Schizosaccharomyces, Zygosaccharomyces, Dekkera, Candida, Torulospora, Koleckera, Pichia, Mycotorula i Mycoderma.
Skład chemiczny napoju W napoju występują różnorodne składniki zależne od występujących mikroorganizmów oraz surowca, z jakiego został przygotowany napój. Obecne są różnorodne kwasy organiczne, takie jak: octowy, glukonowy, glukoronowy, cytrynowy, mlekowy, jabłkowy, winowy, malonowy, szczawiowy, bursztynowy, pirogronowy, usninowy; cukry: sacharoza, glukoza, fruktoza; witaminy: B1, B2, B6, B12, C;