Drużyny nierozstawione Drużyna Współcz. Drużyna Współcz. Bohemian F.C. 1,899 FK Aktöbe 0,649 Zrinjski Mostar 1,733 Piunik Erywań 0,599 Debreceni VSC 1,633 Rhyl FC 0,466 Sheriff Tyraspol 1,333 Glentoran F.C. 0,433 WIT Georgia Tbilisi 1,332 EB/Streymur 0,433 FK Makedonija Dźorcze Petrow 1,033 F91 Dudelange 0,266 FK Bakı 0,899 FK Mogren 0,200 Tallinna FCI Levadia 0,866 UE Sant Julià 0,100 KF Tirana 0,799
Pogrubiono nazwy drużyn, które awansowały do III rundy kwalifikacyjnej.
Pierwsze mecze
Rewanże
III runda kwalifikacyjna Od tej rundy turniej kwalifikacyjny został podzielony na 2 części – dla mistrzów i niemistrzów poszczególnych federacji: do startu w III rundzie kwalifikacyjnej dla mistrzów uprawnionych było 20 drużyn (w tym 17 zwycięzców II rundy), z czego 10 było rozstawionych; do startu w III rundzie kwalifikacyjnej dla niemistrzów uprawnionych było 10 drużyn, z czego 5 było rozstawionych. Losowanie odbyło się 17 lipca 2009 (godz. 12:00). Ponieważ stało się to przed zakończeniem II rundy, przyjęto założenie, że wszystkie rozstawione drużyny z II rundy wygrają swoje mecze, jeśli zaś nie – zwycięska drużyna nierozstawiona przejmowała współczynnik pokonanego (tak stało się w 5 przypadkach).