Aleksander nakazał szturm. Tebańczycy stawili czoła Macedończykom przed murami miasta. Pomimo zaangażowania odwodów, wojska macedońskie nie były w stanie wedrzeć się do miasta. W trakcie tego starcia Tebańczycy opuścili jedną z bocznych bram, co zauważył Aleksander i skierował tam oddział wojska na czele którego stanął Perdikkas. Udało mu się wejść do miasta i nawiązać kontakt z macedońskim garnizonem w cytadeli, choć sam Perdikkas został ciężko ranny. Wojska tebańskie zaczęły uciekać do miasta, ścigane przez macedońską jazdę. Rozpoczęły się walki uliczne, które zmieniły się w masakrę Tebańczyków. Tylko części kawalerii tebańskiej udało się przebić przez linie macedońskie i uciec przez równinę. W rzezi mieszkańców połączonej z rabowaniem ich mienia uczestniczyli również greccy sojusznicy Aleksandra, przede wszystkim Tespijczycy i Platejczycy, którzy mścili się w ten sposób za krzywdy doznane od Tebańczyków. Już w dzień po upadku Teb Aleksander zwołał sesję Rady Związku Helleńskiego, na której delegaci uchwalili karę dla Teb: zburzenie miasta, sprzedanie ludności w niewolę i wyjęcie Tebańczyków spod prawa w całej Grecji.