Nie zmieniło to jednak decyzji stajni, by Japończyk reprezentował ten zespół w kolejnym sezonie, co z pewnością było związane z kontraktem między koncernami.
Kolejny rok był zdecydowanie słabszy w wykonaniu Nakajimy, który dwukrotnie nie zakwalifikował się do wyścigu oraz wielokrotnie nie kończył ich z różnych powodów. Wynikało to głównie z dużo słabszej dyspozycji zespołu. Nie zmieniło to jednak faktu, że ponownie wypadł blado na tle Brazylijczyka, tym razem trzykrotnego i aktualnego mistrza świata, Nelsona Piqueta, który kilkakrotnie zdołał nawet stanąć na podium. Dorobek jednego punktu pozwolił mu na zajęcie 16. pozycji w końcowej klasyfikacji.
Sezon 1989 był ostatnim dla Japończyka w popadającym w coraz większy kryzys formy, Lotusie. Pomimo iż trzykrotnie nie zakwalifikował się do wyścigu, był to jeden z bardziej udanych roków startów w F1, z racji większego dorobku punktowego oraz nieoczekiwanego najszybszego okrążenia podczas ostatniej rundy o Grand Prix Australii. W klasyfikacji generalnej zajął jednak dopiero 21. miejsce, a jego pogromcą zespołowym ponownie został Nelson Piquet.
Ostatnie dwa lata w królowej motorsportu spędził w ekipie Tyrrell, najpierw u boku Francuza, Jeana Alesiego, a potem Włocha, Stefano Modeny. Obojgu jednak uległ w ostatecznych wynikach, zdobywając łącznie 5 punktów i dwukrotnie 15.