Malmö FF Po zakończeniu rozgrywek Toivonen został zawodnikiem Malmö FF. Ligowy debiut w nowym klubie zanotował 7 kwietnia 2007 roku podczas zremisowanego 1:1 pojedynku przeciwko Elfsborgowi. 15 maja wychowanek Degerfors strzelił zwycięskiego gola dla Malmö w spotkaniu z drużyną Helsingborgs IF. W sezonie 2007 Toivonen był podstawowym graczem swojego zespołu, rozegrał 24 mecze w Allsvenskan i razem z Malmö zajął dziewiąte miejsce w końcowej tabeli. Podczas rozgrywek w 2008 roku szwedzki gracz w 27 występach zdobył 14 goli i zanotował 7 asyst. Wspólnie z Charlie Daviesem oraz Henrikiem Larssonem zajął piąte miejsce w klasyfikacji najlepszych strzelców sezonu. Toivonen strzelił po dwie bramki w pojedynku z IFK Norrköping, obu meczach z Ljungskile SK i w spotkaniu przeciwko GIF Sundsvall.