W listopadzie 1940 wschodni odcinek Krochmalnej do ulicy Wroniej znalazł się w granicach warszawskiego gettaMapa Getto warszawskie. Współczesny układ ulic i ostańce zabudowy według stanu na marzec 2001 na tle dawnego planu miasta, opracowanie kartograficzne Paweł E. Weszpiński, współczesna treść tematyczna (przebieg ulic i ostańce) Robert Marcinkowski [w:] . W lutym 1942 w kamienicach nr 13 i18 doszło dwóch z czterech udokumentowanych przypadków kanibalizmu w dzielnicy zamkniętej. Ulica została z niej wyłączona razem z całym tzw. małym gettem w sierpniu 1942, w trakcie wielkiej akcji deportacyjnej (wywózki Żydów do obozu zagłady w Treblince).
Podczas powstania warszawskiego jej skrzyżowania z ulicami: Żelazną i Wronią zostały zamknięte przez powstańców barykadami. W 1944 zabudowa została zniszczona przez Niemców z wyjątkiem kilku domów przy ulicy Żelaznej oraz na odcinku pomiędzy ulicami Karolkową i Towarową.