Do 26 czerwca na rzecz powodzian przeznaczono 170 mln koron, a rząd Jana Fischera powołał sztab kryzysowy. W pracach przy usuwaniu szkód brało udział 1000 czeskich żołnierzy.
25 czerwca miejscowości Větrná na Wełtawie przewróciła się łódź, w wyniku czego jedna osoba zginęła. Łącznie w Czechach i na Morawach zginęło 12 osób. W nocy z 25 na 26 czerwca w okolicach Ostrawy wody Odry osiągnęły punkt kulminacyjny. Największych zniszczeń doznały miejscowości w okolicach Nowego Jiczyna i Hranic.
Powódź z czerwca 2009 r. jest trzecią najtragiczniejszą powodzią w historii Czech. Niektóre czeskie media uważają, że jest ona gorsza nawet od powodzi tysiąclecia z 1997 r..
Polska thumb|Kłodzko
W Polsce nawałnica rozpoczęła się w tym samym czasie co w Czechach. Najgorsza sytuacja panowała na południu kraju. Na Podkarpaciu, 22 czerwca niektóre rzeki przybierały nawet 3 metry na dobę. Wezbrane rzeki zalewały miasta i wsie. W mieście Ropczyce wylała rzeka Wielopolka, która zalała miasto, płynąc ulicami na wysokości około 1,5 metra. 25 czerwca w nurcie rzeki zginęła jedna osoba. Z miasta ewakuowano 660 mieszkańców. Na Dolnym Śląsku rzeki także przekroczyły stan alarmowy. We Wrocławiu silne opady spowodowały poważne problemy komunikacyjne. W województwie podlaskim ok. 8 tys. osób zostało odciętych od dostaw prądu.