12 stycznia 1991 został powołany na stanowisko ministra edukacji narodowej w rządzie Jana Krzysztofa Bieleckiego i pełnił tę funkcję do 23 grudnia tego samego roku. Od maja do grudnia 1991 był równocześnie wiceprzewodniczącym Komitetu Badań Naukowych. W wyborach parlamentarnych w 1991 bezskutecznie kandydował do Senatu z ramienia Kongresu Liberalno-Demokratycznego. Był później przewodniczącym komisji rewizyjnej Unii Wolności (1994–1996). Od 1998 do 2002 z ramienia UW zasiadał w sejmiku pomorskim I kadencji, w którym pełnił funkcję przewodniczącego Komisji Nauki, Edukacji, Kultury i Sportu. W 2002 bez powodzenia ubiegał się o reelekcję z listy koalicji Platforma Obywatelska – Prawo i Sprawiedliwość (jako kandydat Platformy Obywatelskiej).
Został pochowany na gdańskim Cmentarzu Srebrzysko (rejon IX, kwatera profesorów).
Życie prywatne Był żonaty z ekonomistką Anną Zielińską-Głębocką.
Wyróżnienia i upamiętnienie W 2005 przyznano mu pośmiertnie Nagrodę im. Włodzimierza Zonna.