Najmniejszym obszarem jest zlewisko Morza Bałtyckiego zajmują jedynie 4721 km² w obszarach graniczących z Polską.
Najdłuższą rzeką przepływającą przez ten kraj jest Łaba, należąca do zlewiska Morza Północnego, która w granicach państwa liczy 370 km długości. Jej najdłuższym dopływem jest Wełtawa, która przepływa przez stolicę kraju. Do pozostały rzek, wchodzących w skład zlewiska Morza Północnego, należą: Lužnice, Sazawa, Otava, Berounka i Ohrza. Najdłuższą rzeką należąca do zlewiska Morza Czarnego jest Morawa, o długości 246 km, która w swym dolnym biegu jest rzeką graniczną ze Słowacją. Do pozostałych rzek należących do zlewiska Morza Czarnego należą Beczwa i Dyja. Główną rzeką należącą do zlewiska Bałtyku jest Odra, która ma tutaj swe źródła, a w granicach kraju mierzy 135 km, a do pozostałych rzek należą Opawa, Osobłoga, Olza i Nysa Łużycka, które uchodzą do Odry.
Sieć rzeczna w kraju jest bardzo gęsta i intensywnie zasilana opadami górskimi (śnieg i deszcz).
Czechy mają niewiele naturalnych jezior. Największym jest Jezioro Czarne o powierzchni zaledwie 18,4 ha. Liczne są stawy. Dużo jest zbiorników retencyjnych mających na celu ochroną kraju przed powodziami, które ze względu na rzeźbą terenu i wysokie opady w górach są częstym zjawiskiem.