Gdy ogłosił, że latem 2006 roku opuści Man Utd, Alex Ferguson oznajmił, iż chce, by to Keane został jego następcą na stanowisku trenera United. Wspomniany incydent z krytykowaniem kolegów sprawił jednak, że Ferguson zaczął się wypowiadać o menadżerskiej karierze Keane'a z większą rezerwą.
Keane niespodziewanie opuścił Manchester 18 listopada 2005, będąc w trakcie leczenia kontuzji. Jego ostatnim meczem dla Czerwonych Diabłów był mecz z Liverpool F.C. we wrześniu tego samego roku.
Celtic FC 15 grudnia, dzień po tym jak informację tę podało BBC, Keane został piłkarzem Celticu. Pierwszego gola w barwach nowego klubu zdobył w lutym 2006 w meczu z Falkirk F.C. wygranym 2:1.
Decyzję o zakończeniu kariery z powodu problemów z kontuzją biodra ogłosił 12 czerwca 2006. Wcześniej, 9 maja 2006, rozegrano mecz pożegnalny Roya Keane'a, w którym wzięły udział drużyny Manchesteru United i Celticu. Spotkanie zakończyło się wynikiem 1:0 dla Man Utd po golu Cristiano Ronaldo. Keane zagrał po jednej połowie w barwach każdej drużyny.