Sprzeciwiał się tworzeniu odrębnych żydowskich oddziałów w ramach armii Andersa. 4 grudnia 1941 ponownie aresztowany przez NKWD. Bez wszczęcia sprawy karnej stracony w więzieniu w Kujbyszewie 17 lutego 1943.

W lutym 1943 władze ZSRR, wkrótce po zakończeniu bitwy o Stalingrad ostatecznie poinformowały o straceniu Wiktora Altera „za szpiegostwo na rzecz Hitlera”. Został pośmiertnie zrehabilitowany przez Prokuraturę ZSRR 13 listopada 1990. Jego symboliczny grób znajduje się na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie, odsłonięty 17 kwietnia 1988.

W 1951 r., w okresie stalinizmu w PRL jego prace Człowiek w społeczeństwie oraz Socjalizm walczący zostały wycofane z polskich bibliotek oraz objęte cenzurą.

Publikacje Wiktor Alter wydał kilka książek, w tym: 1937: Antysemityzm gospodarczy w świetle cyfr 1935: „Jedność” i „Plan” 1934: Gdy socjaliści dojdą do władzy...! 1926: Socjalizm walczący

Opublikował także liczne artykuły w prasie socjalistycznej.

Przypisy Symboliczny grób Wiktora Altera w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej.

Jagielski podaje, iż uciekł do Belgii.