W 1929 roku zmieniono wewnętrzną organizację partii. Radę Partyjną zastąpiła Rada Naczelna. Powoływana ona była przez Zjazd Partyjny. Rada wybierała spośród zasiadających w niej osób, członków Centralnego Komitetu. Przyjęcie uchwały partyjnej wymagało zatwierdzenie jej przez Plenum.
II wojna światowa thumb|Marek Edelman (1922–2009) – przedwojenny członek Bundu, uczestnik powstania w getcie warszawskim, późniejszy członek opozycji antykomunistycznej i działacz polityczny Bundowcy podczas II wojny światowej aktywnie organizowali żydowski ruch oporu (np. w powstaniu w getcie warszawskim, walczyli tam m.in. bundowcy Abrasza Blum, Michał Klepfisz i Marek Edelman). Jednakże Bund nie wszedł w skład Bloku Antyfaszystowskiego czy Żydowskiego Komitetu Narodowego, prowadząc jedynie współpracę z ŻKN poprzez organa Żydowskiej Komisji Koordynacyjnej. Bund utworzył kilka oddziałów w ramach Żydowskiej Organizacji Bojowej, działającej na terenie getta warszawskiego. Leon Feiner reprezentował partię w prezydium Rady Pomocy Żydom „Żegota”. W Polskiej Radzie Narodowej pełniącej funkcje emigracyjnego parlamentu, przedstawicielem Bundu był Szmul Zygielbojm, który po upadku powstania w getcie warszawskim, popełnił samobójstwo w proteście przeciw bezczynności aliantów wobec ludobójstwa Żydów.