Parę miesięcy później został rektorem Akademii Zamojskiej – funkcję tę powierzano mu jeszcze kilkukrotnie. Jeden z głównych przedstawicieli renesansowej filozofii polskiej, należał do czołowych profesorów Akademii, był gł. kierownikiem drukarni i przedsięwzięć naukowo-wydawniczych. Zwolennik empiryzmu i metody indukcyjnej w nauce. Walczył o świeckość i autonomię szkoły przeciw hegemonii władz duchownych.
Poślubił Annę, dworkę kasztelanowej Zamoyskiej. Otrzymał w dożywotnią dzierżawę wioskę Pniówek (Pniów).
Najważniejsze utwory Dialectica Ciceronis, Zamość 1604, drukarnia M. Łęski (dzieło filozoficzne, oparte na notatach padewskich J. Zamoyskiego, przekazanych mu przez autora w 1598) Oratio funebris in anniversario depostionis Illustrissimi Joannis Zamoscii, Zamość 1606, drukarnia M. Łęski Oratio de nobiliate gentis Samosciorum, wyd. przy J. Zamoyski: „Stemma Samosciorum”
Prace edytorskie M. Jaskier Juris provincialis quod Speculum Saxonum vulgo nuncupatur libri tres, Zamość 1602 J. Zamoyski Stemma Samosciorum, Zamość 1609, Drukarnia Akademicka