Podczas okupacji Niemcy urządzili w niej magazyn narzędzi budowlanych, natomiast nabożeństwa odprawiano w kaplicy.
Po zakończeniu wojny zdewastowany, ostrzelany pociskami kościół został przeznaczony do użytku przez nowego proboszcza ks. Czesława Spychalskiego. Uroczystej konsekracji nowej świątyni dokonał 1 grudnia 1945. prymas Polski kardynał August Hlond, który ofiarował również relikwie św. Franciszka z Asyżu. Prace wykończeniowe świątyni oraz upiększanie wnętrza trwało przez cały okres powojenny: Dokonano w tym czasie m.in. następujących inwestycji: 1946 – zamontowano organy, 1948 – zakupiono żyrandole, 1949 – wykonano ambonę z wizerunkami św. Wojciecha, św. Stanisława, św. Kazimierza i św. Andrzeja Boboli, 1951 – ks. prymas Stefan Wyszyński uroczyście poświęcił organy i ołtarz główny, 1957 – wykonano boczny ołtarz św. Józefa, 1961 – ks. bp. Jan Czerniak poświęcił boczny ołtarz Matki Bożej, 1964–1972 – wykonano witraże w prezbiterium i wzdłuż naw bocznych 1972–1984 – kościół wyposażono w nowe ławki, konfesjonały, oświetlenie, posadzkę, ogrzewanie, figurę Serca Jezusa oraz obrazy, 1990–2000 – wykonano szereg prac remontowo-budowlanych, m.in.