Konflikt między obozem prezydenckim a Radą Najwyższą odżył 1 września. Wtedy to Jelcyn podpisał ukaz nr 1328 zawieszający w pełnieniu obowiązków wiceprezydenta Aleksandra Ruckoja, który wielokrotnie wcześniej negatywnie wyrażał się na temat polityki swojego przełożonego. Jako powód podano skłonności Ruckoja do korupcji (które, jak się potem okazało, zostały sfałszowane). Dwa dni później Rada Najwyższa zaskarżyła Jelcyna do Trybunału Konstytucyjnego, który zamierzał przeprowadzić śledztwo w tej sprawie. Do tego czasu dekret prezydencki został zawieszony.
Początek kryzysu Za właściwy początek kryzysu uznaje się datę 21 września. Wtedy to Jelcyn podpisał ukaz nr 1400 zakładający rozwiązanie Rady Najwyższej oraz przeprowadzenie w dniach 11–12 grudnia wyborów do nowo powstałej Dumy. Takie działanie zgodnie z art. 121 ówczesnej konstytucji automatycznie usuwało go z urzędu, jednak de facto wciąż to on rządził. Następnego dnia w budynku Rady Najwyższej (zwanym „Białym Domem” lub Izbą Sowietów) zaczęli się gromadzić ludzie niezadowoleni z poczynań Jelcyna. 23 września podczas protestów doszło do pierwszych ofiar – zwolennicy Rady zaatakowali kwaterę Połączonych Sił Zbrojnych WNP, podczas którego zginęły 2 osoby.