Przy katedrze powstała kaplica Wazów (1664–1666) oraz kaplica Zbaraskich w kościele Dominikanów (1629–1633). Pozostałe kościoły barokowe to: Bernardynów (1670–1680, architekt K. Mieroszewski), Wizytek (1682–1695, architekt A. Solari), Karmelitów na Piasku (1655–1679), św. Anny (1689–1703, architekt Tylman z Gameren).
Bujnie rozwijała się związana z architekturą dekoracja stiukowa (G.B. Falconi – prace w kościele św. Piotra i Pawła) oraz rzeźba w stiuku (Baltazar Fontana – prace w kościele św. Anny). We wnętrzach kościelnych dominował czarny marmur wydobywany w Dębniku pod Krakowem, zastosowany m.in. w kaplicach Wazów, Zbaraskich, kościele Karmelitów Bosych na Wesołej. Powstał nowy typ nagrobka w formie tablicy z malowanym lub rzeźbionym popiersiem zmarłego, w oprawie architektoniczno-rzeźbiarskiej. Kwitło snycerstwo barokowe z efektownymi ołtarzami o spiętrzonej kompozycji architektonicznej, dekorowanymi ornamentem czerpanym z wzorników: na początku stulecia – okuciowym, w pierwszej połowie wieku – chrząstkowo-małżowinowym, a w drugiej – akantowym.